Письмом Минфина от 17.09.10 № 03-04-06/6-219 разъяснено, как осуществляется зачет или возврат сумм удержанного налога на доходы физических лиц при изменении налогового статуса сотрудников организации.

Особый порядок зачета или возврата налоговым агентом сумм излишне удержанного налога не установлен, поэтому возврат налогоплательщику налоговым агентом излишне удержанных сумм налога на доходы физических лиц должен осуществляться исходя из общего порядка. То есть на основании письменного заявления налогоплательщика по решению налогового органа.

Если перерасчет сумм налога сотрудника организации, ставшего налоговым резидентом Российской Федерации, производится в 2010 году с даты, когда статус налогоплательщика более измениться не сможет, налоговый агент вправе произвести зачет сумм излишне уплаченного налога на доходы физических лиц в счет предстоящих платежей налогоплательщика по этому налогу. Указанный зачет производится до окончания налогового периода 2010 года.

Для проведения указанного зачета в организации должны иметься документы, подтверждающие срок фактического нахождения сотрудника в Российской Федерации, на основании которого определяется его налоговый статус.
Например: проездные документы, копии паспорта с отметками органов пограничного контроля о пересечении границы, справки, подготовленные на основании сведений табеля учета рабочего времени, квитанции о проживании в гостинице и другие документы, оформленные в порядке, установленном законодательством РФ.

Если по итогам налогового периода 2010 года сумма переплаты налога будет зачтена организацией не полностью, в 2011 году возврат суммы налога налогоплательщику производится налоговым органом, в котором он был поставлен на учет по месту жительства (месту пребывания), при подаче им налоговой декларации за 2010 г. и документов, подтверждающих статус налогового резидента в 2010 г.